Con ese modelo de PCB tengo nula experiencia en reparaciones. Por desgracia tampoco tengo una como para ayudarte en el diagnóstico de manera remota.
Del código en MAME podemos saber algunas cosas:
1) El conector superior es para utilizarse en gabinetes con JVS, en lugar de JAMMA. Por lo mismo es innecesario para tu uso de no ser que tu gabinete sea de ese tipo.
2) Los Dip Switches deben estar todos apagados
3) La placa principal y la secundaria de ROMS son únicas para cada juego, y por lo mismo no son intercambiables con las de otro titulo. Solo la del CPU es intercambiable. De tener otra placa del mismo sistema podrías probar de esta manera si es alguna la que causa el problema.
El cpnector extra de 48 pines que se encuentra junto al JAMMA, llamado NAMCO48 en el codigo de MAME, se utiliza para una extensión de botones como en toda placa JAMMA+, aca el pinout que supongo ya has revisado
http://www.crazykong.com/pins/Soulcalibur.pin.txt
De alli sabemos que el problema no puede ser por los conectores extra, el juego funcionaría aun sin utilizarlos.
Supongo que no tienes ni audio ni video de algún tipo, no sé con que equipo de diagnostico cuentes... ya sea multimetro, punta logica, etc. Los primeros pasos que sigo generalmente consisten en asegurarme que el voltaje sea el correcto, ya que varía la carga a la fuente según la placa. Lo más cercano a 5.0 Volts, de allí que estén conectadas todas las líneas de tierra a la fuente de poder; ya que en algunos casos que las máquinas se han adaptado a multijuegos esto ha sido modificado y varias placas tienen problemas con esa configuración.
Si todo eso no tiene problemas, resta revisar la alimentación de la placa. Revisar en las eproms si hay voltaje correcto es lo siguiente. Se busca el diagrama de la ROM en cuestión y con el multímetro verificar que le lleguen los 5Volts. Si le están llegando pro lo menos sabemos que la parte de alimentación de toda la PCB está en orden.
Antes de seguir con otros procedimientos, revisar fisicamente la plca por daño es muy conveniente. Rayones o golpes que hayan alterado pistas o capacitores que estén en corto, a la vez que se pueden enderezarlos pines de la cara inferior para que no hagan cortos indeseados. Muchas veces por mal almacenamiento de las placas se maltrata esta cara y los pines se doblan, por lo mismo es conveniente ponerles patitas de plástico.
De allí lo que seguiría es empezar a probar con una punta lógica el cada uno de los chips, y la continuidad de las pistas en la pcb.